Mastigamoebida o Entamoebida es un orden de Amoebozoa que se caracteriza por la ausencia de mitocondrias, supuestamente perdidas al adaptarse a medios con escasez o ausencia de oxígeno. Comprende, entre otros, a los géneros Entamoeba y Endolimax, que son comensales o parásitos internos de animales y humanos. Otras especies son de vida libre en hábitats de agua dulce pobres en oxígeno.