Mortierellomycota é um filo monotípico de fungos pertencente ao grupo parafilético Zygomycota, cuja única classe é Mortierellomycetes, também um táxon monotípico, cuja única ordem é Mortierellales Caval.-Sm., 1998. Contém apenas uma família, Mortierellaceae Luerss., Handb. Syst. Bot. 1: 63. 1877, com 6 géneros e cerca de 129 espécies. Estes fungos estiveram incluídos no subfilo Mucoromycotina.